韦小宝出身市井，为人机灵狡黠，因义助天地会成员而卷入江湖与庙堂的漩涡。他奉天地会之命混入宫中假扮太监，却阴差阳错与少年康熙相识，两人不知彼此身份，因一场打斗结下深厚友谊。韦小宝得知康熙真实身份后，助其智斗权臣，铲除鳌拜，一跃成为宫中红人。然而宫中暗藏玄机，韦小宝发现太后竟是神龙教高手假扮，其目的为盗取藏有清廷秘密的四十二章经。他上报康熙，设计救出被囚禁多年的真太后，并巧设妙计促成顺治与康熙父子团聚，又挑拨神龙教内斗，令康熙对其愈加器重。但韦小宝天地会香主的身份终究暴露，康熙虽念旧情，却难容反清势力，昔日兄弟走向对立，韦小宝面临忠义两难的抉择。