立山国际高中的白羽由希奈，在三人面谈后追赶暴风雨般离开的母亲洋海，为了送还遗忘的智能手机，与好友荻布美夏一同前往母亲工作地点黑部研究所。在大厅顺利交还手机后，她与相识的研究人员荒俣稔短暂交谈，却不知一场跨越千年的巨变正在地下深处酝酿。黑部大坝下方的地下遗迹中，沉睡已久的古代兵器“黑骸”突然苏醒。由希奈在混乱中与遗迹中解冻的神秘少年基斯相遇，基斯背负着古代文明最后的使命。黑骸的启动引发了自卫队的紧急应对，而由希奈竟被选为黑骸的驾驶员，与基斯共同驾驶这台巨大人形兵器。与此同时，来自地底的未知敌人“鬼”也开始现世，它们与黑骸的苏醒有着千丝万缕的联系。由希奈和基斯不仅要面对自卫队的攻击，还要在混乱中探寻黑骸的真正目的。随着战斗的扩大，由希奈逐渐发现，自己与黑骸的羁绊远比想象中更深，而这场战斗背后，隐藏着关于古代文明与地球未来的巨大秘密。在战火与日常的夹缝中，由希奈与基斯的关系也在不断变化。他们必须携手面对现代军力与古代威胁，守护所爱之人，并揭开黑骸沉睡千年的真相。