故事始于2039年，全球暖化导致海平面急剧上升，人类失去大片陆地。与此同时，被称为“雾之舰队”的谜之军舰群出现在世界各地海域，凭借超越人类科技的超兵器，对人类船舰展开毁灭性攻击。人类倾尽全力发动“大海战”，却在雾之舰队的绝对武力下惨败，被迫退守陆地，海洋从此成为人类的禁区。多年后，原海军士官千早群像在父亲遗志的指引下，潜入被封锁的海域，意外登上一艘失去联系的雾之战舰“伊401”。这艘战舰拥有名为“伊欧娜”的少女形态心智模型，却选择与人类合作。群像与伊欧娜及船员们一同，驾驶这艘强大的战舰，在雾之舰队的重重包围中展开航行。他们不仅要面对雾之舰队各艘战舰的追击与挑战，还要揭开父亲失踪的真相以及雾之舰队背后的秘密。随着旅程深入，群像逐渐发现，雾之舰队并非单纯的敌人，其存在与人类自身的过去紧密相连。一场关于信念、信任与未来的海洋之战，就此拉开序幕。