《Buddy Complex 完结篇》承接电视动画剧情，在暑假结束后的第一天，平静的校园生活被突如其来的袭击打破。一名因意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡濑青叶展开了凶猛的攻击，意图抹杀他的存在。为了保护青叶，弓原雏毅然乘上自己的机体迎战，却在激烈的战斗中再度触发时空异变，两人一同被卷入时空裂缝，坠入一个完全陌生的未来世界。在这个未来，人类正陷入自由条约联合军与大佐基利亚共和国之间的全面战争。青叶与雏被联合军救起，却发现自己已成为改变战争走向的关键人物。青叶被赋予与联合军机体“卢克西昂”进行同步连接的能力，得以驾驶这台强大机体投入战斗。在一次次与敌机的交锋中，青叶逐渐了解到自己与雏之间跨越时间的深厚联系，以及那场袭击背后隐藏的惊人真相——他们的相遇与分离，早已被命运与时间线所编织。完结篇中，青叶与雏必须面对来自过去的阴影和未来的抉择。随着基利亚共和国最强机体的逼近，以及时间悖论的威胁逐渐显现，两人在战火中坚定信念，决心用彼此的羁绊打破宿命的循环。最终决战拉开帷幕，他们将用行动证明，即使跨越时空，那份守护彼此的心意也永不改变。