《太空小五义》讲述五位性格迥异的少年少女——热血领队、机智军师、活力少女、沉默力士与天才机械师，在一次出海探险中遭遇风暴，漂流至一座地图上不存在的“奇颜岛”。岛上荒无人烟，却隐藏着三十年前大洗博士建造的尖端秘密基地，以及一台沉睡的巨型机器人“哥頓”。他们很快结识了国际机构成员志摩仙太郎，从他口中得知地球正面临前所未有的危机：来自地底的军团“ドロンジャー”在皇帝茲各古丹的率领下，企图征服地表世界。为了守护家园，五位少年决定继承大洗博士的遗志，驾驶哥頓与地底军团展开连番激战。每一场战斗都考验着他们的智慧与默契，从海底洞窟到火山要塞，从机械兽军团到皇帝亲自驾驶的毁灭兵器，少年们在一次次生死边缘中成长，也揭开了奇颜岛与地底文明之间的古老秘密。最终，他们能否击退强敌，让和平重回大地？一场属于少年们的星际冒险，就此拉开帷幕。