故事发生在东京八丈岛近海，一座连接全球警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”即将正式启动。为与欧洲刑警组织联网，世界各国的IT工程师齐聚于此，进行最后的系统调试。然而，平静的开幕前夕，一名工程师遭到神秘黑影袭击，现场留下诡异的痕迹。与此同时，系统在测试中竟意外识别出一名与已故灰原哀完全匹配的女子影像，这一异常数据迅速引发全球警方的关注。柯南敏锐地察觉到，这绝非巧合——黑衣组织成员“PINGA”正潜伏在会场，意图利用该系统获取关键情报。随着调查深入，柯南发现灰原哀的真实身份可能已暴露，而组织更策划了一场针对她的阴谋。在海上与陆地的双重追击中，柯南与灰原哀必须联手对抗组织的新式武器与冷酷杀手。八丈岛的海底隧道、浮标的控制中枢，成为决定命运的关键战场。影片以紧张的动作场面与悬疑推理交织，展现了柯南与黑衣组织的又一次正面对决，也深刻探讨了身份认同与牺牲的命题。真相在黑暗的海底逐渐浮出水面，而灰原哀的命运，也在此刻迎来重大转折。