《众神的恶作剧》以“众神聚集的世界”为舞台，讲述女主角草薙结衣被选中成为“神人类之间的桥梁”，转学至聚集了日本、希腊、北欧等神话代表神明的“御灵学园”。在这里，她必须与性格迥异的众神共同生活，并帮助他们理解人类的情感与羁绊。学园中，有冷酷高傲的日本神话月读命，温柔却神秘的希腊神话阿波罗，豪放不羁的北欧神话洛基，以及沉默寡言的埃及神话托特等。每位神明都背负着各自的传说与孤独，在与女主角的日常相处中，逐渐展露内心柔软的一面。而女主角也在与他们的互动中，化解神与人的隔阂，并触发一系列超越神话的浪漫事件。动画以细腻的笔触描绘众神从疏离到亲近的转变，穿插幽默与感动。随着剧情推进，众神之间隐藏的矛盾与秘密逐渐浮出水面，而女主角的选择将影响整个神话世界的命运。本作融合恋爱、奇幻与校园元素，以精美的画风和动人的配乐，呈现一场跨越神话的青春物语。