在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人——来自欧洲英格拉姆帝国的女王莎莉贝丝，她带着年幼的儿子菲利浦王子一同出行。女王随身携带的“水晶之母”是欧洲最大的宝石，其璀璨光芒不仅吸引了无数人的目光，也引来了国际大盗怪盗基德的觊觎。柯南与毛利小五郎、少年侦探团恰好乘坐同一列车，偶然间得知基德已混入乘客之中，准备伺机盗取宝石。为了守护女王的宝物，柯南开始暗中调查每一位可疑的乘客，而基德则不断变换身份，制造混乱，试图转移众人的注意力。在列车飞驰的过程中，柯南与基德展开了一场智慧与胆识的较量。菲利浦王子天真无邪，与少年侦探团迅速成为朋友，而女王则始终保持冷静，展现出王者的威严。柯南凭借敏锐的观察力，逐步逼近基德的真实身份，但基德也设下层层陷阱，让局面愈发扑朔迷离。最终，在列车即将抵达大阪之际，柯南成功识破基德的伪装，并在一场高空与车厢间的追逐中，迫使基德放弃宝石。然而，基德在逃脱前留下神秘微笑，暗示这场对决并未真正结束。影片以幽默与紧张的节奏，展现了柯南与基德之间亦敌亦友的独特关系，也为观众带来一段充满悬疑与欢笑的列车冒险。