玛丽在父母双亡后，被送往约克郡的姨夫家，一座笼罩在阴影中的古老庄园。姨夫因丧妻之痛封闭自我，庄园里弥漫着压抑的气氛，而玛丽也因孤僻而备受冷落。一次偶然，玛丽循着神秘的声音，发现了一把尘封的钥匙，打开了一座被高墙围起的秘密花园。花园荒芜已久，却暗藏生机。她结识了能听懂动物语言的少年迪肯，以及因体弱而被囚禁在房间里的表兄柯林。三个孤独的孩子在花园中找到了彼此的依靠。随着季节更替，玛丽和迪肯带领柯林走出房间，共同劳作、播种、欢笑。花园逐渐复苏，孩子们的心灵也得以疗愈。姨夫在花园中重拾对妻子的记忆，最终敞开心扉。秘密花园不仅唤醒了自然之美，更让所有人明白：爱与快乐，是治愈一切的力量。影片以魔幻现实主义手法，将自然与人性交织，展现成长、亲情与救赎的永恒主题。