《忍者神龟第一季》讲述了一个跨越千年的宿命对决。198X年，忍者大师阿特姆施莱德为重返太空做准备，在日本收养了天狗施莱德的后裔唐井，倾囊相授忍者技艺，意图将其培养为未来征服地球的棋子。与此同时，在纽约阴暗的下水道中，四只因接触变异剂而获得人形的乌龟——冷静的领袖莱昂纳多、天才发明家多纳泰罗、火爆的拉斐尔和幽默的米开朗基罗，在老师斯普林特（一只同样变异的鼠大师）的指导下，习得忍术精髓。他们以披萨为食，以正义为信念，从地下崛起，成为城市暗处的守护者。施莱德率领的脚帮组织在纽约横行，企图窃取高科技装备，寻找通往太空的钥匙。神龟们与女记者艾普丽尔·奥尼尔结盟，一次次挫败敌人的阴谋，从地下铁道的激战到屋顶的追逐，每一场战斗都考验着兄弟间的默契与勇气。本季中，神龟们不仅要面对施莱德的步步紧逼，还要解开自身身世之谜，学会在人类世界中隐藏身份，同时守护彼此间的羁绊。随着唐井的登场，一股更黑暗的势力悄然逼近，为后续的史诗对决埋下伏笔。