因交通意外失去母亲后，少年相泽透随父亲迁居至风景如画的志摩市。某日，他在探索无人海岛时，发现一块闪烁着诡异红光的石头，其上竟附着一枚温热的蛋。透刚将石头握入手中，蛋壳便裂开，一只小巧玲珑的乌龟探出头来。透想起母亲生前总爱叫他“小勇者”，便为这只小龟取名“加美拉”，视作母亲留下的羁绊。然而，平静的生活很快被打破。志摩市上空接连出现不明飞行物，巨型怪兽加奥斯从太空降临，城市陷入恐慌。令透震惊的是，加美拉竟在危急时刻迅速巨大化，化作传说中的守护神兽，以火焰吐息迎战加奥斯。透发现，自己与加美拉之间存在着神秘的心灵感应，而那枚红石正是唤醒加美拉力量的关键。随着战斗升级，透结识了热爱生物学的少女西脇唯和科学少年佐藤，三人组成小队，试图揭开加美拉与加奥斯背后的外星文明阴谋。他们发现，加奥斯并非单纯侵略者，而是被改造的生物兵器，而加美拉则是地球远古文明留下的最后防线。透必须在亲情创伤与守护世界的责任间做出抉择，最终领悟“勇者”的真正含义——不是无所畏惧，而是心怀爱与勇气，直面恐惧。在一场撼动天地的最终决战中，透与加美拉并肩作战，用红石的力量引爆核心，终结了加奥斯的威胁。战后，加美拉化作光芒消散于海天之间，但透明白，那份守护的信念将永远留在心中，指引他走向未来。